1 - R et RStudio

Installation de :
R pour Mac ou
R pour Windows ou
R pour Linux.

et de :
RStudio.
ou
utiliser la version en ligne de R Studio à partir d’Huma-num.


Aparté sur les problèmes d’équipement: Sur les machines les plus anciennes il se peut que l’installation de R Studio soit difficile. Une solution est d’utiliser l’application en ligne R Studio d’Huma-num. Pour cela il vous faut en amont contacter et pour demander l’accès à https://r-tools.huma-num.fr/ en leur communiquant les éléments suivants:
- Nom, Prénom
- Laboratoire / établissement de rattachement
- Email
- Statut (i.e doctorat, enseignant-chercheur, chercheur, ITA, IATOS)
- Cadre/s d’utilisation (programme de recherche, recherche dans le cadre d’une thèse)
- Description courte (< 5 lignes) du/des cadres/s d’utilisation
- Affection d’une instance de GPU : NON
- Pour les étudiants en thèse : sujet, directeur de thèse, date de soutenance prévue.
- Pour les étudiants, stagiaires, CDD : date de fin d’utilisation
- Volumétrie des fichiers en GO : disons 2
Cela vous permettra d’ouvrir une session R Studio dans votre navigateur:
URL de connexion : https://r-tools.huma-num.fr/*\ avec le login et mot de passe du compte SSH qui vous aura été communiqué par .*
⚠️ ATTENTION: Comptez 2 à 3 jours pour obtenir vos identifiants et mot de passe de connexion


RStudio est constitué de 4 panneaux:
- en haut à gauche: l’éditeur où est édité le code enregistré dans fichiers.
- en bas à gauche: la console où sont executées les lignes de code, directement ou à partir du fichier source ouvert dans l’éditeur.
- en haut à droite: l’environnement où apparaissent les objets R que chargés ou créés.
- en bas à droite: l’espace de visualisation utilisé pour naviguer dans les dossiers, visualiser les plots créés, afficher l’aide, etc.

2 - Récupérer les documents nécessaires sur GitHub

Rendez-vous sur le dépôt https://github.com/ALVignoles/R-pour-archeologues et téléchargez l’ensemble au format zip.

3 - Répertoire de travail

Pour pouvoir récupérer des données, maîtriser la sauvegarde des scripts, des résultats, etc. il est important d’indiquer au logiciel le répertoire de travail, c’est-à-dire le répertoire à partir duquel les jeux de données seront chargés, et où les résultats de nos productions seront sauvegardés.

Trois moyens de préciser le répertoire de travail:
1- Avec la commande setwd(). La commande getwd() permet de savoir dans quel répertoire vous vous trouvez. Notez que R ne reconnaît que le caractère “/” pour spécifier le chemin d’accès d’un répertoire.
2- On peut aussi passer la commande en pointer-cliquer dans la barre d’outil en haut de la fenêtre avec
Session -> Set Working Directory -> Choose Directory.
3- En ouvrant une session RStudio à partir d’un fichier .Rproj, en l’occurrence R-pour-archeologues.Rproj. Ce fichier permettra d’indiquer à R que l’on travaille par défaut dans le dossier où est stocké ce fichier, et pour reprendre le travail entre deux sessions, puisque le projet R garde en mémoire l’état dans lequel RStudio a été laissé lors de la dernière session. Puisque l’arborescence et le contenu de chaque machine dépend de l’utilisateur-trice, l’utilisation du projets R est très utile pour la reproductibilité, pour fournir un environnement commun à tou-te-s les utilisateurs.
4- Si vous utilisez l’IDE RStudio sur le serveur d’Huma-num (https://r-tools.huma-num.fr/), la procédure est la suivante: - Sur votre machine, créer un fichier .zip ‘R-pour-archeologues.zip’ à partir du dossier ‘R-pour-archeologues’ téléchargé depuis GitHub. - Dans l’onglet ‘Files’ du panneau ‘Visualisation’ (dans le coin bas-droit de la fenêtre Rstudio), ajouter l’ensemble du dossier avec le bouton ‘Upload’. - Avec la commande suivante, indiquer que ce dossier est le répertoire de travail: setwd("~/R-pour-archeologues")

Vous êtes prêt-e-s pour le workshop :-)